Fundacja Niezależny Instytut Edukacji Emocjonalnych w latach 2014 – 2015 brała udział w projekcie systemowym: „Szkoła Współpracy. Uczniowie i rodzice kapitałem społecznym nowoczesnej szkoły”, realizowanym przez Ministerstwo Edukacji Narodowej, w partnerstwie z Fundacją Rozwoju Demokracji Lokalnej.
Celem projektu było zainicjowanie istotnej zmiany w funkcjonowaniu środowiska szkolnego (dyrektor, nauczyciele, rodzice, uczniowie) m.in. poprzez wypracowanie i wdrożenie standardów partnerskiego współdziałania wśród podmiotów tworzących to środowisko, a także upowszechnianie tych zasad, jako czynników istotnie wzmacniających jakość pracy szkoły.
Przedstawicielki Fundacji dr Anna Łachowska i dr Katarzyna Wanat były członkiniami Społecznego Komitetu Doradczego, który został powołany przez MEN w ramach tego projektu.
Społeczny Komitet Doradczy to koalicja organizacji pozarządowych, federacji organizacji, portali edukacyjnych, mediów oraz pracowników jednostek samorządu terytorialnego. SKD w projekcie „Szkoła Współpracy” pełniło rolę doradczą i opiniującą działania podejmowane przez MEN na rzecz realizacji celów projektu. Przede wszystkim jednak głównym zadaniem SKD było przyczynienie się w znacznej mierze do wypracowania i wdrożenia standardów partnerskiego współdziałania przedstawicieli grup środowiska szkolnego tj. nauczycieli/dyrektorów szkół i przedszkoli, rodziców, uczniów.
Ministerstwo Edukacji Narodowej powołując Społeczny Komitet Doradczy w ramach projektu „Szkoła Współpracy” stworzyło przedstawicielom organizacji pozarządowych możliwość wpływu na poprawę systemu kształcenia w Polsce. Fundacja Niezależny Instytut Edukacji Emocjonalnej czynnie uczestniczyła we wszystkich działaniach SKD włączając się, w tak obecnie potrzebny, proces zmiany polskiej edukacji.